Sesuai dengan Keputusan Menteri Pekerjaan Umum No.13/PRT/M/2006 Tanggal 17 Juli 2006 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Wilayah Sungai Nusa Tenggara I Ditjen Sumber Daya Air. Balai Wilayah Sungai (BWS) Nusa Tenggara I merupakan nama Unit Pelaksana Tugas (UPT) Ditjen Sumber Daya Air dengan wilayah kerja Wilayah Sungai Pulau Lombok (Strategis Nasional) dan berkedudukan di Mataram. Yang mana sebelumnya masih berupa Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu pada Ditjen Sumber Daya Air.
Pada BWS Nusa Tenggara I Kelompok Jabatan Fungsional dibagi 2 (dua) Satuan Kerja yaitu Satuan Kerja BWS Nusa Tenggara I dan SNVT Pelaksanaan Pengelolaan SDA Nusa Tenggara I Provinsi NTB. Pada Satuan Kerja BWS Nusa Tenggara I dibagi 2 (dua) PPK, sedangkan pada SNVT Pelaksanaan Pengelolaan SDA Nusa Tenggara I Provinsi NTB dibagi menjadi 10 (sepuluh) PPK yang ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pekerjaan Umum No. 89/KPTS/M/2008 tanggal 9 Januari 2008 tentang Pengangkatan Penanggungjawab Program, Pelaksana Program, Kepala Satuan Kerja/Kuasa Pengguna Anggaran/Kuasa Pengguna Barang, Pejabat yang Melakukan Tindakan yang Mengakibatkan Pengeluaran Anggaran Belanja/ Pejabat Pembuat Komitmen, Pejabat yang Melakukan Pengujian dan Perintah Pembayaran, Bendahara Penerimaan dan Bendahara Pengeluaran di Lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air Departemen Pekerjaan Umum Tahun Anggaran 2008. Kedua PPK yang berada dalam Satuan Kerja BWS Nusa Tenggara I salah satunya adalah PPK Perencanaan dan Program yang memiliki wilayah kerja pada Pulau Lombok dan Pulau Sumbawa.
PPK Perencanaan dan Program merupakan leburan dari Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu (SNVT) Irigasi Andalan NTB, Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu (SNVT) Pengembangan dan Konservasi Sumber Daya Air NTB, Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu (SNVT) Pengendalian Banjir dan Pengamanan Banjir NTB dan Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu (SNVT) Pengembangan Air Tanah NTB pada tahun anggaran 2006. Tahun Anggaran 2007, terjadi perubahan organisasi, beberapa SNVT pada Provinsi NTB melebur bersama menjadi 11 (sebelas) Satuan Pelaksanaan Kegiatan pada Satuan Kerja BWS Nusa Tenggara I di bawah naungan Balai Wilayah Sungai Nusa Tenggara I.
