Balai Wilayah Sungai mempunyai tugas sebagaimana mengacu pada Peraturan Menteri Pekerjaan Umum Nomor 1 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum yaitu Balai Wilayah Sungai mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sumber daya air di wilayah sungai yang meliputi penyusunan program, pelaksanaan konstruksi, operasi dan pemeliharaan dalam rangka konservasi dan pendayagunaan sumber daya air serta pengendalian daya rusak air.
Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan kepegawaian, organisasi dan tatalaksana, penyiapan penyusunan rencana dan pengelolaan keuangan, urusan kas dan perbendaharaan, administrasi dan akuntansi keuangan, administrasi hasil pemeriksaan dan pengaduan masyarakat, penyusunan laporan berkala serta urusan tata usaha, kearsipan dan rumah tangga, serta melakukan penatausahaan, pengelolaan, administrasi dan akuntansi barang milik negara, pengamanan fisik dan proses sertifikasi barang milik negara.
Seksi Program dan Perencanaan Umum mempunyai tugas melakukan penyusunan pola, program, dan rencana pengelolaan sumber daya air, analisis dan evaluasi kelayakan program dan kegiatan pengelolaan sumber daya air, analisis dampak lingkungan, penyusunan perjanjian kinerja dan laporan kinerja balai, koordinasi dan fasilitasi penerapan sistem manajemen keselamatan dan kesehatan kerja, fasilitasi pengadaan barang dan jasa, pelaksanaan pemberdayaan masyarakat di bidang program dan perencanaan umum pengelolaan sumber daya air, pengelolaan sistem hidrologi serta sistem informasi dan data sumber daya air, dan pelaksanaan koordinasi terkait pengadaan tanah.
Seksi Operasi dan Pemeliharaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan rencana kegiatan, pengendalian dan pengawasan pelaksanaan perencanaan teknik, persiapan pelaksanaan operasi dan pemeliharaan dan pelaksanaan operasi dan pemeliharaan, fasilitasi penerapan sistem manajemen keselamatan dan kesehatan kerja, fasilitasi pengadaan barang dan jasa, serta pelaksanaan pemberdayaan masyarakat di bidang operasi dan pemeliharaan, pelaksanaan penanggulangan kerusakan akibat bencana, pengelolaan sistem peringatan dini, pelaksanaan penyusunan rencana alokasi air tahunan, pelaksanaan penyusunan kajian penetapan garis sempadan sungai, garis sempadan danau, garis sempadan situ dan garis sempadan jaringan irigasi, fasilitasi kegiatan tim koordinasi pengelolaan sumber daya air pada wilayah sungai, pelaksanaan pemantauan dan pengawasan pemanfaatan sumber daya air serta, pelaksanaan penyusunan rekomendasi teknis dalam pemberian izin.
Seksi pelaksanaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan rencana kegiatan, penyusunan perencanaan teknik, pengendalian dan pengawasan pelaksanaan perencanaan teknik, pelaksanaan konstruksi dan nonkonstruksi, persiapan penyerahan operasi dan pemeliharaan, fasilitasi penerapan sistem manajemen keselamatan dan kesehatan kerja, fasilitasi pengadaan barang dan jasa, pelaksanaan pemberdayaan masyarakat dan pemberian bimbingan teknis kepada pemerintah daerah provinsi dan pemerintah daerah kabupaten/kota dalam pelaksanaan konstruksi sarana dan prasarana jaringan sumber air di bidang sungai, pantai, drainase utama perkotaan, irigasi, rawa, dan tambak, air tanah dan air baku, bendungan, danau, situ, embung, dan tampungan air lainnya, serta konservasi tampungan air, air tanah dan air baku, sarana dan prasarana konservasi air tanah dan air baku, serta pelaksanaan penyusunan saran teknis untuk pengalihan alur sungai dan pemanfaatan bekas sungai.