Susunan organisasi Balai Besar Wilayah Sungai Brantas, terdiri atas:
- Bagian Tata Usaha;
- Bidang Perencanaan Umum dan Program;
- Bidang Pelaksanaan Jaringan Sumber Air;
- Bidang Pelaksanaan Jaringan Pemanfaatan Air;
- Bidang Operasi dan Pemeliharaan; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.