Balai Besar Wilayah Sungai (BBWS) Nusa Tenggara II merupakan unit pelaksana teknis di bawah Direktorat Jenderal Sumber Daya Air, Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, yang memiliki peran strategis dalam pengelolaan sumber daya air di wilayah Provinsi Nusa Tenggara Timur.
Berdasarkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Republik Indonesia, sebagai bagian dari restrukturisasi organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air. Pembentukan balai ini dimaksudkan untuk mendekatkan pelayanan dan pengelolaan sumber daya air kepada masyarakat serta memperkuat pelaksanaan tugas teknis di lapangan.
Sebagai unit pelaksana teknis (UPT) di lingkungan Kementerian Pekerjaan Umum, Balai Wilayah Sungai Nusa Tenggara II berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Sumber Daya Air. Balai ini dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor: 13/1616/M.PAN/6/2006 tanggal 28 Juni 2006 tentang Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air Departemen Pekerjaan Umum.
Pembentukan ini kemudian ditindaklanjuti dengan penyusunan Struktur Organisasi dan Tata Kerja Balai Wilayah Sungai Nusa Tenggara II, sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Pekerjaan Umum Nomor: 13/PRT/M/2006 tanggal 17 Juli 2006.
Sebagai bagian dari upaya penguatan kelembagaan dan peningkatan efektivitas pengelolaan sumber daya air, pemerintah melalui Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) telah melakukan penyesuaian organisasi unit pelaksana teknis di lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air.
Awal mula berdirinya BBWS Nusa Tenggara II dimulai pada tahun 2005, ketika dibentuk satuan kerja sementara untuk menangani berbagai kegiatan pengelolaan sumber daya air di wilayah timur Indonesia, khususnya di Nusa Tenggara Timur.
Seiring dengan kebutuhan yang semakin kompleks serta pentingnya pengelolaan sumber daya air yang lebih terintegrasi, pada tahun 2006, satuan kerja tersebut ditetapkan sebagai satuan kerja vertikal dan resmi menjadi Balai Wilayah Sungai (BWS) Nusa Tenggara II. Penetapan ini membawa perubahan signifikan dalam struktur organisasi dan kewenangan teknis yang lebih luas, mencakup perencanaan, pelaksanaan, dan pengawasan kegiatan konservasi, pendayagunaan, dan pengendalian daya rusak air di sejumlah wilayah sungai strategis di NTT.
Memasuki tahun 2024, Balai Wilayah Sungai Nusa Tenggara II mengalami peningkatan status kelembagaan menjadi Balai Besar Wilayah Sungai Nusa Tenggara II Tipe B, sebagai bentuk penguatan peran dan kapasitas dalam pengelolaan sumber daya air di wilayah Nusa Tenggara Timur.
