Balai Hidrologi dan Lingkungan Keairan berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Sumber Daya Air melalui Direktur Bina Teknik Sumber Daya Air. Balai Hidrologi dan Lingkungan Keairan mempunyai tugas melaksanakan pengembangan, perekayasaan, dan pelaksanaan pelayanan teknis pengujian, pengkajian, inspeksi, dan sertifikasi di bidang hidrologi dan lingkungan keairan.