Balai Wilayah Sungai (BWS) Maluku pertama kali terbentuk pada tanggal 17 Juli 2006. Berdasarkan Keputusan Menteri Pekerjaan Umum No.13/PRT/M/2006 Tanggal Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Ditjen Sumber Daya Air. BWS Maluku merupakan Unit Pelaksana Tugas (UPT) Direktorat Jenderal Sumber Daya Air yang sebelumnya masih berupa Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu.

Pada masa awal terbentuk, wilayah kerja BWS meliputi 4 Wilayah Sungai (WS) yaitu : WS Pulau Buru; WS Pulau Ambon-Seram; WS Kep. Kei-Aru; WS Kep. Yamdena-Wetar. Namun berdasarkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum Dan Perumahan Rakyat Nomor 04/PRT/M/2015 Tentang Kriteria Dan Penetapan Wilayah Sungai, WS Pulau Buru dan WS Kep. Kei Aru merupakan WS Lintas Kabupaten/Kota yang menjadi kewenangan Pemerintah Provinsi. Sehingga WS yang jadi kewenangan BWS Maluku yaitu : WS Ambon-Seram dan WS Kep. Yamdena-Wetar.