Setelah sebelumnya berhasil mendapatkan Sertifikasi ISO 9001:2008 pada tahun 2015 bidang Manejemen Mutu, kali ini pada tahun 2016 Unit SISDA kembali berhasil mempertahankan sertifikasi ISO tersebut setelah melalui Audit Evaluasi Manajemen Mutu. Untuk mempertahankan Sertifikasi tersebut, Unit SISDA telah melalui dua kali proses audit, yaitu Audit Internal yang dilaksanakan pada tanggal 8 Desember 2016 oleh Tim Auditor SMM BWS Sulawesi IV Kendari dan Audit Eksternal pada 15 Desember 2016 oleh auditor dari perusahaan Sucofindo International Certification Service.

Kepala Balai Wilayah Sungai Sulawesi IV Kendari selaku Top Management sangat mengapresiasi Sertfikasi ISO 9001:2008 tersebut dengan harapan dapat memberikan pelayanan yang terbaik khususnya pelayanan data dan informasi infrastruktur Sumber Daya Air yang terdapat pada Wilayah Sungai kewenangan BWS Sulawesi IV Kendari.