Balai Besar Wilayah Sungai Cidanau Ciujung Cidurian mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sumber daya air di wilayah sungai yang meliputi penyusunan program, pelaksanaan konstruksi, operasi dan pemeliharaan dalam rangka konservasi dan pendayagunaan sumber daya air dan pengendalian daya rusak air pada sungai, pantai, bendungan, situ, embung, dan tampungan air lainnya, irigasi, rawa, tambak, air tanah, air baku, serta pengelolaan drainase utama perkotaan.

Fungsi dari Balai Besar Wilayah Sungai Cidanau Ciujung Cidurian adalah sebagai berikut :

1. Penyusunan pola dan rencana pengelolaan SDA pada WS C3
   
2. Penyusunan program pola dan rencana pengelolaan SDA pada WS C3
3. Pemantauan dan evaluasi penyelenggaraan/penerapan pola dan rencana pengelolaan SDA pada WS C3
4. Penyusunan studi kelayakan dan perencanaan teknis / desai pengembangan SDA
5. Pelaksanaan PBJ sesuai dengan perundangan
6. Pelaksanaan SMK3
7. Pengelolaan SDA yang meliputi konservasi, pendayagunaan, dan pengendalian daya rusak air pada WS C3
8. Pengelolaan drainase utama perkotaan
9. Pengelolaan sistem hidrologi
10. Pengelolaan sistem informasi SDA
11. Pelaksanaan OP SDA pada WS C3
12. Pelaksanaan pemberian bimtek pengelolaan SDAyang menjadi kewenangan provinsi dan kabupaten/kota
13. Penyusunan dan penyiapan rekomtek dalam pemberian izin penggunaan SDA pada WS C3
14. Penyusunan dan penyiapan saran teknis untuk pengalihanalur sungai dan pemanfaatan bekas sungai
15. Penyusunan dan pelaksanaan kajian penetapan garis sempadan sungai, garis sempadan danau, situ, dam jaringan irigasi
16. Fasilitasi kegiatan TKPSDA pada WS C3
17. Pemberdayaan masayarakat dalam pengelolaan SDA
18. Pelaksanaan penyusunan laporan akuntansi keuangan dan BMN selaku unit akuntansi wilayah
19. Pelaksanaan pemungutan, penerimaaan dan penggunaan biaya jasa pengelolaan SDA sesuai perundan-undangan
20. Pelaksanaan urusan TU dan rumah tangga balai serta kompu
21. Penyusunan perjanjian kinerja dan laporan kinerja balai
22. Pelaksanaan pemantauan dan pengawasan penggunaan SDA dan penyidikan tindak pidana bidang SDA