Setelah terbentuknya Balai Wilayah Sungai Wilayah Sungai pada Tahun 2008, Balai Wilayah Sungai Sumatera II merupakan unit pelaksana teknis Kementerian Pekerjaan Umum yang ada di Provinsi Sumatera Utara, yang bertugas menjamin terselenggaranya pengelolaan Sumber Daya Air dari hulu hingga ke hilir secara menyeluruh, terpadu dan berkelanjutan serta berwawasan lingkungan. Sebelum berdirinya Balai Wilayah Sungai Sumatera II, Departemen Pekerjaan Umum khususnya Direktorat Jenderal Sumber Daya Air, memiliki satuan kerja yang berfungsi melaksanakan pekerjaan baik konstruksi maupun non konstruksi di masing-masing provinsi. Provinsi Sumatera dengan pengelolaan Bidang Sumber Daya Air, terdiri dari beberapa Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu (SNVT) antara lain SNVT. Irigasi dan Rawa Andalan Sumatera Utara dan SNVT Proyek Pengendalian Banjir Sumatera.

Berdasarkan Keppres no 12 tahun 2012 wilayah sungai di indonesia di bagi dalam 131 Wilayah Sungai. Wilayah Sungai tersebut terbagi dalam 5 WS Lintas Negara, 29 WS Lintas Provinsi, 29 WS Strategis Nasional, 53 WS Lintas Kabupaten/kota, dan 15 WS dalam satu kabupaten/kota. Dari jumlah tersebut, yang merupakan kewenangan pemerintah (pusat) sejumlah 63 WS yang terdiri dari 5 WS lintas negara, 29 WS lintas provinsi dan 29 WS strategis nasional. Sebagaimana yang diamanatkan dalam Undang-undang tersebut, di Sumatera utara terbentuk Balai Wilayah sungai sumatera II yang menangani Wilayah Sungai Strategis dan Wilayah Sungai Lintas Provinsi yaitu WS Belawan Ular Padang, WS Toba Asahan dan WS Batang Natal Batang Batahan.