Balai Besar Wilayah Sungai Pompengan Jeneberang merupakan bagian dari Direktorat Jenderal Sumberdaya Air yang dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor : B/1616/M.Pan/6/2006 tanggal 28 Juni 2006 tentang pembentukan unit pelaksanaan teknik (UPT) di lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air dan Direktorat Jenderal Bina Marga Departemen Pekerjaan Umum dan Surat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor : B/2427/M.Pan/6/2006 tanggal 13 Oktober 2006 tentang perubahan surat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara nomor : B/1616/M.Pan/6/2006 tentang pembentukan unit pelaksanaan teknis (UPT) di lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air dan Direktorat Jenderal Bina Marga Departemen Pekerjaan Umum dan Keputusan Menteri Pekerjaan Umum nomor : 38/KPTS/M/2009 tanggal 15 Januari 20 tentang Pembebasan dan penangkatan pejabat pimpinan eselon II.b pada Balai Besar di lingkungan Departemen Pekerjaan Umum dan Keputusan Menteri Pekerjaan Umum nomor : 08/KPTS/M/2010 tanggal 04 Januari 2010 tentang Pengangkatan dan Penanggung Jawab Program, Pelaksana Program, Kepala Satuan Kerja /Kuasa Pengguna Anggaran/Kuasa Pengguna Barang, Pejabat yang melakukan Pemungutan Penerimaan Negara, Pejabat Pembuat Komitmen, Pejabat yang melakukan pengujian dan perintah pembayaran, Bendahara Penerimaan dan Bendahara Pengeluaran di lingkungan Direktorat Jenderal Sumber Daya Air Departemen Pekerjaan Umum Tahun Anggaran 2010.
Sesuai dengan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat No. 4/PRT/M/2015 Tentang Kriteria Penetapan Wilayah Sungai, maka Wilayah Kerja BBWS Pompengan Jeneberang mempunyai empat WilayahSungai antara lain.
1. Wilayah Sungai Jeneberang
Wilayah Sungai Jeneberang dengan status adalah Wilayah Sungai Strategis Nasional (Kepres No. 12 Tahun 2012) berada pada posisi antara 4O 25’ 15,6” LS sampai 6O 28’ 40” LS dan 119 O 20’ 20.4” BT sampai 120 O 19’ 12” BT yang mempunyai luas wilayah sungai 9.331 km2 dengan potensi air permukaan 13.229 juta m3/tahun dan potensi air tanah 1.504 m3/tahun dan potensi air tanah 1.504 m3/tahun. Meliputi 9 kabupaten dan 1 kota yang tersebar di Sulawesi Selatan (Kota Makassar, Kab. Maros, Kab. Gowa, Kab. Takalar, Bulukumba, Kab. Selayar, Kab. Bone dan Kab. Sinjai). Sungai utama di WS Jeneberang yaitu Sungai Jeneberang (panjang = 80 km, Luas DAS = 860 km2), Sungai Tangka (panjang = 65 km, luas DAS = 439 km2).
2. Wilayah Sungai Saddang
Wilayah Sungai Saddang merupakan wilayah sungai lintas propinsi yaitu propinsi Sulawesi Selatan dan Propinsi Sulawesi Barat meliputi 8 Kabupaten dan 1 Kota (Kota Pare-pare, Kab.Pangkep, Kab. Barru, Kab. Pinrang, Kab. Enrekang, Kab. Tana Toraja, Kab. Toraja Utara, Kab. Polewali dan Kab. Mamasa). WS. Saddang mempunyai 3 (tiga) arti penting yakni Tata Ruang Nasional : WS. Saddang meliputi Kawasan Strategis Nasional (ekonomi, sosial budaya, sumber daya/teknologi), Tata Ruang Wilayah Provinsi, meliputi : Kawasan Lahan Pangan Berkelanjutan dan Kawasan
Ekonomi Khusus, Lumbung Cadangan Beras Nasional, kontribusi : 500-600 ribu ton/tahun. Letak geografis 0° 12’ – 8° 00’ LS dan 116° 48’ – 122 36’ BT dengan luas 10.230,32 km2 terdiri dari 24 DAS. Sungai terbesar adalah sungai Saddang seluas 6.4333 km2, panjang sungai rerata 182 km, lebar rerata 80 m, dan memilik 294 anak sungai.
3. Wilayah Sungai Walanae- Cenrana.e
Wilayah sungai Walanae-Cenranae merupakan Wilayah Sungai Strategis Nasional (Kepres No. 12 Tahun 2012). Letak geografis 5° 6’ 6,26” – 2° 58’ 27,28” LS dan 119° 59’ 28,95” – 120° 2’ 40,07” BT, meliputi 9 Kabupaten (Kab. Maros, Kab. Pinrang, Kab. Sidrap, Kab. Enrekang, Kab. Luwu, Kab.Soppeng, Kab. Tana Toraja, Kab. Wajo dan Kab. Bone), dengan potensi 9.418 juta m3/tahun, sungai utama adalah Sungai Walanae (panjang = 250 km, luas DAS = 740 km2) dengan lebar sungai rerata 100 meter dan DAS seluas 3.170 km2, Sungai Bila dengan beberapa anak sungainya antara lain Sungai Boya, Lancirang, Kalola dan sebagainya mempunyai DAS seluas 1.611 km2, luas DAS Gilirang keseluruhan (hingga muara sungai) adalah 518 km2, sedang luas DAS hingga pada stasiun pengukur muka air Gilirang adalah 230 km2, Sungai Cenranae mengalir dari Danau Tempe kearah timur menuju muara di Teluk Bone mempunyai panjang kurang lebih 69 km. Sungai Cenranae yang merupakan satu-satunya alur pengeluaran (outlet) dari sistem sungai Danau Tempe ini mempunyai luas DAS keseluruhan hingga muara sebesar 7.380 km2. Potensi air tanah yang ada di wilayah sungai Walanae – Cenranae sekitar 1.379 m3/tahun.
4. Wilayah Sungai Pompengan Larona
Wilayah Sungai Pompengan Larona termasuk WS. Lintas Provinsi, mencakup 3 (tiga) provinsi, meliputi Provinsi Sulawesi Selatan dengan luas 11.253 km2, yakni Kota Palopo, Kabupaten Luwu, Kabupaten Luwu Utara, Kabupaten Luwu Timur dan Kab. Tana Toraja. Provinsi Sulawesi
Tenggara dengan luas 1.495 km2 meliputi Kab. Kolaka Utara, Kab. Kolaka dan Kab.Konawe serta Sulawesi Tengah dengan luas sebesar 169,6 km2 meliputi Kab. Morowali dan Kab. Poso. Letak geografis pada posisi 2° 32’ 50,09” – 3° 23’ 45,67” LS dan 119° 49’ 39,57” – 121° 48’ 59,68” BT. Potensi sungai adalah sekitar 17,2 Milyar m3/tahun (dalam debit 545 m3/det).sistem Irigasi Teknis. Sungai utama : Sungai Baliase (panjang = 95 km, Luas DAS = 995 km2), Sungai Kalaena (panjang = 85 km, luas DAS = 1.900 km2), Sungai Larona (panjang = 120 km, luas DAS 4.600 km2), Sungai Pompengan (panjang = 71 km. Luas DAS = 439 km2). Potensi air tanah sekitar 3.126 juta m3/tahun. Keadaan topografi bervariasi dengan salah satu puncak terletak di Buntu (gunung) +2.624 mdpl dengan kemiringan rerata 0,02513. Pada WS. Pompengan terdapat 3 (tiga) buah
danau besar dalam bentuk cascade yaitu Danau Matano (449 km2), Danau Mahalona (225 km2), Danau Towuti (562 km2).