Balai Teknik Rawa telah melalui perjalanan yang cukup panjang yang dimulai pada tanggal 20 April 2007 terbentuk Balai Rawa yang berkedududkan di Banjarmasin sesuai dengan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum Nomor 08/PRT/M/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Departemen Pekerjaan Umum. Balai Rawa merupakan Unit Pelaksana Teknis yang berada di bawah Pusat Penelitian dan Pengembangan Sumber Daya Air yang belokasi di Bandung dengan Eselon-I nya yaitu Badan Penelitian dan Pengembangan. Badan Penelitian dan Pengembangan. Pada tahun 2010 terdapat perubahan nomenklatur Departemen Pekerjaan Umum menjadi Kementerian Pekerjaan Umum melalui Peraturan Menteri Pekerjaan Umum No. 21/PRT/M/2010. Kemudian pada tahun 2015 terjadi perubahan struktur organisasi dan perubahan nomenklatur melalui Peraturan Menteri PUPR No 34 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kementerian PUPR Balai Rawa berganti nomenklatur menjadi Balai Litbang Teknologi Rawa. Tidak berselang lama dengan terbitnya Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 20/PRT/M/2016, terjadi perubahan nomenklatur kembali dari Balai Litbang Teknologi Rawa menjadi Balai Penelitian Dan Pengembangan Rawa dengan tugas melaksanakan Penelitian dan Pengembangan Bidang Rawa dengan wilayah kerja seluruh Indonesia.

Pada tahun 2020 terjadi reorganisasi di Kementerian PUPR dimana Badan Penelitian dan Pengembangan dibubarkan sehingga Balai Litbang Rawa berganti nomenklatur menjadi Balai Teknik Rawa dibawah Direktorat Jenderal Sumber Daya Air sesuai Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 16/PRT/M/2020 No 16 Tahun 2020 Tanggal 02 Juni 2020 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum Dan Perumahan Rakyat. Balai Teknik Rawa mempunyai tugas melaksanakan pengembangan, perekayasaan, dan pelaksanaan pelayanan teknis pengujian, pengkajian, inspeksi, dan sertifikasi di bidang rawa. Dengan wilayah kerja Seluruh Indonesia.