Balai Wilayah Sungai Sumatera dipimpin oleh seorang Kepala Balai Esselon III.a dan dibantu oleh beberapa Esselon IV.a yaitu :
1. Sub Bagian Umum dan Tata saha
2. Seksi Program dan Perencanaan Umum
3. Seksi Pelaksanaan
4. Seksi Operasi dan Pemeliharaan
Balai Wilayah Sungai Sumatera III mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sumber daya air yang meliputi Perencanaan Pelaksanaan Konstruksi, Operasi dan Pemeliharaan dalam rangka konservasi sumber daya air, dan pengendalian daya rusak air.
Wilayah kerja Balai Wilayah Sungai Sumatera III mencakup 4 (empat) wilayah sungai yaitu :
1. Wilayah Sungai Rokan (Sungai Lintas Provinsi)
Bagian hulu berada di provinsi Sumatera Utara dan Sumatera Barat, bagian tengah dan bagian hilir di provinsi Riau dengan panjang sungai 325 km’ serta luas Catchment Area 22.109 km2 , debit maximum 1.900 m3/detik dan Debit Minimum 48 m3/detik.
2. Wilayah Sungai Siak (Sungai Strategis Nasional)
Berada di provinsi Riau dengan panjang sungai 345 km’ dan luas CacthmentArea 11.025 km2, Debit Maximum 1.700 m3/detik dan Debit Minimum 45 m3/detik.
3. Wilayah Sungai Kampar ( Sungai Lintas Provinsi )
Bagian hulu berada di provinsi Sumatera Barat, bagian tengah dan bagian hilir di provinsi Riau dengan panjang sungai 580 km’ dan luas Cacthment Area 24.548 km2, debit Maximum 2.200 m3/detik dan debit minimum 49 m3/detik
4. Wilayah Sungai Indragiri (Sungai Lintas Provinsi)
Bagian hulu berada di provinsi Sumatera Barat, bagian tengah dan bagian hilir berada di provinsi Riau dengan panjang sungai 645 km’ dan luas Cacthment Area 16.268 km2, Debit Maximum 2.760 m3/detik dan Debit Minimum 65 m3/detik.