Tugas Pokok Berdasarkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum Nomor : 21/PRT/M/2010 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kementerian Pekerjaan Umum pada Pasal 98, Balai Wilayah Sungai Maluku Utara mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sumber daya air di WS Halmahera Utara dan WS Halmahera Selatan yang meliputi perencanaan, pelaksanaan konstruksi, operasi dan pemeliharaan dalam rangka konservasi dan pendayagunaan sumber daya air dan pengendalian daya rusak air pada sungai, danau, waduk, bendungan dan tampungan air lainnya, irigasi, air tanah, air baku, rawa, tambak dan pantai.   Fungsi

1. penyusunan pola dan rencana pengelolaan sumber daya air pada wilayah sungai;
2. penyusunan rencana dan program, studi kelayakan dan perencanaan teknis/desain/pengembangan sumber daya air;
3. persiapan, penyusunan rencana dan dokumen pengadaan barang dan jasa;
4. pelaksanaan pengadaan barang dan jasa serta penetapan pemenang selaku Unit Layanan Pengadaan (ULP);
5. pengendalian dan pengawasan konstruksi pelaksanaan pembangunan sumber daya air;
6. penyusunan rencana dan pelaksanaan pengelolaan kawasan lindung sumber air pada wilayah sungai;
7. pengelolaan sumber daya air yang meliputi konservasi dan pendayagunaan sumber daya air serta pengendalian daya rusak air pada wilayah sungai;
8. pengelolaan sistem hidrologi;
9. pengelolaan sistem informasi sumber daya air;
10. pelaksanaan operasi dan pemeliharaan sumber daya air pada wilayah sungai;
11. pelaksanaan bimbingan teknis pengelolaan sumber daya air yang menjadi kewenangan provinsi dan kabupaten/kota;
12. penyiapan rekomendasi teknis dalam pemberian ijin atas penyediaan, peruntukan, penggunaan dan pengusahaan sumber daya air pada wilayah sungai;
13. fasilitasi kegiatan Tim Koordinasi Pengelolaan Sumber Daya Air pada wilayah sungai;
14. pemberdayaan masyarakat dalam pengelolaan sumber daya air;
15. pelaksanaan penyusunan laporan akuntansi keuangan dan akuntansi barang milik negara selaku Unit Akuntansi Wilayah;
16. pelaksanaan pemungutan, penerimaan dan penggunaan biaya jasa pengelolaan sumber daya air (BJPSDA) sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan; dan
17. pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga balai serta koordinasi dengan instansi terkait.